Die Gründung der ernestinischen Hochschule in Jena (1548) erfolgte im Kontext einer existenzbedrohlichen Situation für die Protestanten im Heiligen Römischen Reich und am Tiefpunkt der Macht der Ernestiner. Im Schmalkaldischen Krieg (1546/47) besiegte Kaiser Karl V. den Schmalkaldischen Bund, ein Bündnis protestantischer Fürsten und Reichsstädte, an deren Spitze der ernestinische Kurfürst Johann Friedrich der Ältere von Sachsen und Landgraf Philipp von Hessen standen. Obwohl der albertinische Herzog Moritz von Sachsen ein Protestant war, hatte er Karl V. in diesem Krieg militärisch unterstützt. Dafür erhielt er die Kurwürde und einen großen Teil des Herrschaftsgebiets von seinem ernestinischen Vetter Johann Friedrich. Damit verbunden war für die Ernestiner auch der Verlust der Universität Wittenberg, der bisher meistbesuchten und einflussreichsten evangelischen Universität im Reich und des Zentrums der reformatorischen Theologie.

Schon bald nach dem Schmalkaldischen Krieg wurden erste Überlegungen und Beratungen zur Gründung einer neuen ernestinischen Hochschule angestellt. Schwierigkeiten bei der Universitätsgründung bereiteten die beschränkten finanziellen Mittel des besiegten und stark verkleinerten ernestinischen Territoriums und die unsichere kirchenpolitische Gesamtlage. Beide Punkte werden auch im hier vorliegenden Gutachten (Juli 1547) von Philipp Melanchthon, der als Berater wesentlich an der Neugründung beteiligt war, angesprochen. Insbesondere von Seiten Moritz’ von Sachsen und Karls V. sah er Gefahren. Melanchthon warnte die Ernestiner deshalb eindringlich vor eigenmächtigem und überstürztem Handeln, um ihre ohnehin schon geschwächte Lage nicht noch weiter zu gefährden – auch um die Chancen auf eine Freilassung des in kaiserlicher Gefangenschaft befindlichen Johann Friedrich nicht zu verschlechtern.
Wie Melanchthon schon im vorliegenden Dokument befürchtete, strebte der Kaiser später mit dem Religionsgesetz des „Augsburger Interims“ (1548) eine Rekatholisierung der protestantischen Territorien und Städte an. Die endgültige Entscheidung der Religionsangelegenheiten wurde einem allgemeinen Konzil vorbehalten, das jedoch letztlich nie zustande kam, weil die Protestanten seine Autorität bestritten. Im Gegensatz zur kompromisslosen Ablehnung des Augsburger Interims u. a. durch die Ernestiner zeigten der Albertiner Moritz und die Wittenberger und Leipziger Theologen um Melanchthon im Leipziger Alternativvorschlag zum Augsburger Interim („Leipziger Interim“) Entgegenkommen gegenüber dem Kaiser bei der Wiederherstellung der vorreformatorischen kirchlichen Zeremonien – in der Hoffnung auf eine baldige Veränderung des Kräfteverhältnisses zugunsten der Protestanten. Von ihren Gegnern wurde ihnen Verrat an der evangelischen Sache vorgeworfen. So kam es zu jahrzehntelangen heftigen Lehrkontroversen zwischen Melanchthon und seinen Anhängern („Philippisten“) und in der strengen Nachfolge Luthers stehenden Theologen wie Matthias Flacius Illyricus und Nikolaus von Amsdorf („Gnesiolutheraner“). Die ernestinischen Herzöge standen dabei meist auf Seiten der „Gnesiolutheraner“ und sahen ihre neugegründete Universität Jena als letzten Hort des wahren Glaubens und der reinen Lehre. Trotz der Konkurrenz zwischen den Universitäten Wittenberg und Jena, die auch durch die Rivalität zwischen den Ernestinern und Albertinern verstärkt wurde, lehnte sich die Hohe Schule Jena u. a. in der Studienkonzeption und Organisation zunächst eng an Wittenberg an.

Wie von Melanchthon im vorliegenden Gutachten empfohlen, gründeten die Ernestiner in Jena zunächst nur eine kleine Hochschule (März 1548). Die Gründungsprofessoren der zunächst nur aus einer Philosophischen und Theologischen Fakultät bestehenden Hochschule waren die Melanchthonschüler Victorin Strigel und Johann Stigel. Melanchthon selbst und andere für Jena angefragte bedeutende Wittenberger Professoren blieben lieber in Wittenberg, nachdem ihnen spätestens im September 1547 vom neuen sächsischen Kurfürst Moritz die Wiedereröffnung der Wittenberger – infolge des Schmalkaldischen Kriegs geschlossenen – Universität zugesichert wurde. Bereits seit 1554 wurden in Jena auch Professoren für die Juristische und Medizinische Fakultät berufen. Nach der kaiserlichen Anerkennung (1557) wurde die Universität Jena 1558 feierlich eröffnet. Eine wesentliche Voraussetzung dafür war der Augsburger Religionsfrieden von 1555, durch den die protestantischen Reichsstände reichsrechtlich anerkannt wurden. Die Gefahr der Rekatholisierung war damit gebannt.